Proteomica

La proteomica shotgun è una tecnica proteomica bottom-up per identificare le proteine in miscele complesse con la spettrometria di massa.

Più metodi di frazionamento o separazione sono spesso combinati per migliorare il segnale-rumore e la copertura del proteoma e per ridurre l’interferenza tra i peptidi nella proteomica quantitativa. Inoltre, un dato metodo di frazionamento fornisce ulteriori informazioni sugli analiti, come il peso molecolare, idrofobicità o punto isoelettrico che può essere utilizzato per migliorare l’identificazione, e per scoprire varianti di splice della proteina o grandi modifiche post-traslazionali.

Dopo la lisi o l’isolamento delle cellule, i lisati spesso contengono contaminanti che non sono compatibili con le fasi successive.

AFFINISEP ha sviluppato strumenti speciali basati su AttractSPE®Disks che possono essere utilizzati in modo semplice ed efficiente per:

  • Dessalazione :
    Prima dell’analisi MS di peptidi o proteine, la fase di desalinizzazione è un passo cruciale per rimuovere i sali e purificare i peptidi/proteine dai digest in-gel e in soluzione.
    La scelta del sorbente è importante in quanto il sorbente legherà i peptidi e permetterà al sale e ad altri contaminanti di essere lavati via dal campione. Quindi i peptidi e le proteine puliti vengono eluiti e analizzati.
  • Frazionamento :
    Il frazionamento peptidico è un passo estremamente importante e impegnativo negli approcci proteomici che affrontano miscele sempre più complesse.
    L’obiettivo è di semplificare ogni frazione per un’analisi semplificata per estrarre più informazioni.
  • Rimozione del detergente :
    Per una buona solubilizzazione delle proteine e le loro digestioni, sono necessari dei detergenti.
    Questi composti possono poi influenzare l’identificazione dei peptidi/proteine e la loro rimozione è un passo importante per una maggiore identificazione dei peptidi.
  • Scambiare il buffer

È possibile utilizzare diversi assorbenti come HLB, C18, C8, DVB (idrofobi), polimeri ionici per interazioni deboli o forti (RPS, SAX, WAX, SCX, WCX)… Il prodotto esiste in vari formati da puntali Stage (punte SPE) , Spin SPE, 96 piastre SPE (1mL o per microeluizione) o colonne SPE basate su dischi. Se è necessario aumentare la purificazione, la stessa resina è disponibile in formato cartuccia.
Sono disponibili diversi formati a seconda della dimensione del campione: puntali SPE, provette spin da 2 ml/15 ml/50 ml, cartucce con dischi SPE o piastre da 1 ml/microeluizione a 96 pozzetti.

Per rispondere all’esigenza di un’alta produttività e di una rapida rimozione di piccole molecole dalle preparazioni di campioni di proteine, abbiamo ampliato la nostra offerta con 96 piastre SPE.